El templo fue seriamente afectado por el terremoto del 2021 y será reemplazado por un nuevo edificio. Las autoridades locales, provinciales y eclesiásticas coincidieron en la necesidad de tomar esta medida para preservar la seguridad de la comunidad. Durante una reunión realizada el lunes 22 de abril en la Parroquia Nuestra Señora de las Mercedes, ubicada en Capital, se resolvió cerrar definitivamente el templo por las graves fallas estructurales que presenta tras el sismo del 18 de enero de 2021. En el encuentro participaron referentes de la Iglesia, del municipio y de la provincia, quienes analizaron distintos informes técnicos que respaldan la decisión. Estuvieron presentes monseñor Jorge Lozano, el administrador parroquial Gustavo Vaca, el padre Rodrigo, el diácono Cristian, el intendente Matías Espejo, y representantes del gobierno provincial, además de miembros de las fuerzas de seguridad y vecinos de la zona. La iglesia, construida en 1886, ya había sido señalada como vulnerable tras el terremoto de magnitud 6.4. Desde entonces, instituciones como el INPRES, la Universidad Nacional de San Juan y el Ministerio de Infraestructura realizaron peritajes que coinciden en que el templo no reúne condiciones sismorresistentes y representa un riesgo para quienes lo frecuentan. El último informe, emitido este año, indica que los daños son irreparables y recomienda la edificación de un nuevo templo que respete el valor histórico y religioso del actual, pero cumpliendo con las normas de seguridad vigentes. Las autoridades aseguraron que se trabajará en conjunto para garantizar una solución definitiva, resguardando tanto la seguridad de los fieles como el patrimonio cultural de la comunidad sanjuanina.